SMP Negeri 5 Salatiga berdiri pada tahun 1979/1980 tepatnya tanggal 20 Maret 1980 dengan nomor SK pendirian No. 0188/O/1979 melalui Menteri Pendidikan dan kebudayaan. Pada saat itu merupakan sekolah Unit Gedung Baru dengan nama SMP Negeri V Salatiga yang berkedudukan di desa Dukuh Kecamatan Salatiga Kotamadya Salatiga. Seiring berjalannya waktu dengan adanya perluasan wilayah, nama SMP Negeri V Salatiga mengalami perubahan nomenklatur pemerintahan menjadi SMP Negeri 5 Salatiga yang berkedudukan di Jalan Bima Nomor 10 Kelurahan Dukuh Kecamatan Sidomukti Kota Salatiga.
Pada awal sekolah berdiri sampai dengan sekarang, SMP Negeri 5 Salatiga telah mengalami proses pergantian kepala sekolah sebanyak 9 kali. Berikut ini adalah daftar nama kepala sekolah yang pernah menjabat di SMP Negeri 5 Salatiga yaitu:
| No | Nama | Masa |
| 1 | Soediyono | 1980 s.d 1990 |
| 2 | Sien Sarsini | 1990 s.d 1995 |
| 3 | Koesno | 1995 s.d 2000 |
| 4 | Purwadi Antoro | 2000 s.d 2003 |
| 5 | Tris Mardiyoko, S.Pd. | 2003 s.d 2006 |
| 6 | Budhiyanto, S.Pd. | 2006 s.d 2008 |
| 7 | Drs. Tri Purnama Adi Putranta | 2008 s.d 2013 |
| 8 | Suhirman, M.Pd. | 2013 s.d 2015 |
| 9 | Dwi Hartati, S.Si., M.Pd. | 2015 s.d 2021 |
| 10 | Dwitjahjo Koesharjanto, S.Pd, M.Si. | 2021 s.d 2023 |
| 11 | Muhamad Nurul Huda, M.Pd. | 2023 s.d sekarang |
